Choroba może przebiegać wolem (powiększeniem objętości tarczycy) lub prawidłową objętością tarczycy albo z zanikiem miąższu tarczycy. Przebieg choroby jest przewlekły. Jednak w niektórych przypadkach obserwujemy zaostrzenie się objawów zapalenia manifestujące się wzrostem temperatury, podwyższonym OB lub CRP i objawami nadczynności tarczycy. Choroba Hashimoto prowadzi do stopniowego niszczenia miąższu tarczycy i zmniejszenia ilości wytwarzanych przez nią hormonów. Wówczas dochodzi do niedoczynności gruczołu, co manifestuje się niedoborem tyroksyny (T4) i wynikającym z tego niedostatecznym działaniu trijodotyroniny (T3) w komórkach ustroju. Niedobór tych hormonów powoduje zwolnienie tempa przemian metabolicznych(zwiększenie masy ciała, osłabienie, zmęczenie, zmniejszenie tolerancji wysiłku, senność, zaburzenia koncentracji i pamięci, uczucie chłodu, zaparcia, osłabienie libido, a także zaburzenia miesiączkowania (kobiety) i niekiedy wzwodu (mężczyźni). W przebiegu choroby Hashimoto dochodzi do zaburzenia prawidłowego funkcjonowania układu krążenia, nerwowego, pokarmowego i oddechowego. Objawia się to zwolnieniem akcji serca, zmniejszeniem kurczliwości mięśnia sercowego, zmniejszeniem pojemności minutowej serca, cichymi tonami serca w czasie osłuchiwania,a także niższe wartości ciśnienia tętniczego krwi. Ponadto dochodzi do spłycenia i zmniejszenia częstotliwości oddechu, mononeuropatii, parestezji oraz osłabienia odruchów a także i słuchu. Także zaburzenia miesiączkowania i perystaltyki jelit oraz suchość skóry, rogowacenie naskórka, osłabienie, brak energii, uczucie zimna i spowolnienie może być jednym z objawów tej choroby.